Die Kirchengemeinde Cismar umfasst als "Zwei-Bäder-Gemeinde" neben dem Ostseebad Kellenhusen auch das berühmte Klosterdorf Cismar, das Ortsteil der Gemeinde Grömitz ist, und Teile der Gemeinde Riepsdorf sowie etliche kleinere Dörfer.
Die Geschichte der Kirchengemeinde beginnt mit der Gründung des Benediktiner-Klosters Cismar durch Graf Adolf IV. von Schauenburg im Jahre 1238. Die erste Gemeinde war also eine Mönchsgemeinde, die etwa 300 Jahre im Kloster lebte und ihre Gottesdienste zusammen mit den damals nach Cismar strömenden Pilgern feierte.
Als das klösterliche Leben nach Einführung der Reformation zum Erliegen kam, beherbergte das ehemalige Kloster nur noch die Hausgemeinde des Cismarer Amtmannes. Aber eben diese kleine Hausgemeinde war die erste evangelisch-lutherische Gemeinde in Cismar.
Um die Wende vom 18. zum 19. Jahrhundert fanden jahrzehntelang keine Gottesdienste mehr in der nunmehr verschiedentlich zweckentfremdeten Klosterkirche statt. Als aber der dänische König zu Beginn des 19. Jahrhunderts die Wiederaufnahme der Gottesdienste in Cismar verfügte, begann sich wieder eigenständiges Gemeindeleben im Kloster zu rühren.
Die evangelisch-lutherische Kirchengemeinde wurde während all dieser Jahre vom zweiten Geistlichen aus Grube mitversorgt. Die entscheidende Wende zur Selbständigkeit der Cismarer Gemeinde brachte erst das Jahr 1911, in dem Cismar zum eigenständigen Pfarrbezirk der Kirchengemeinde Grube erklärt wurde.
Am 1. Juli 1968 schließlich wurde Cismar eine eigenständige Kirchengemeinde mit eigenem Kirchengemeinderat und eigener Pfarrstelle.